Apesar de seus benefícios, este exame também tem alguns problemas. O primeiro é o fato de poder apresentar resultado “falso positivo”, ou seja, indicar que o embrião é alterado, quando na verdade é normal, o que levaria ao descarte de um embrião saudável. Esta possibilidade de “falso positivo” ou “falso negativo” é possível e esperada neste tipo de exame. Em outras palavras, o exame PGT pode levar a um tratamento mais eficiente por minimizar as possibilidades de anomalias no bebê e aumentar a probabilidade de resultados positivos em cada transferência embrionária, pois a maioria dos embriões com anomalias não chega a implantar ou termina em aborto no início da gestação e é esperado que parte dos embriões formados na FIV sejam anormais (não saudáveis), sendo uma importante causa de falha de implantação na FIV. Por outro lado, um ensaio clínico realizado por Scott et al demonstrou que a possibilidade de “falsos positivos” podem ocorrer em até 4% dos casos e tornar o tratamento menos eficaz.
Se houver falso positivo e nenhum embrião com resultado normal, podemos descartar a única chance de a paciente engravidar. Alguns estudos demonstram que este número pode chegar até a 20% (Paulson), embora haja dúvidas sobre a real frequência de falsos positivos.
